Afin de doter l'église d'un orgue adapté à ses dimensions, un projet de reconstruction conciliant sauvegarde et développement du patrimoine existant fut présenté à la Commission des Orgues non classés. Il a reçu un avis favorable du Ministère de la Culture le 30 juin 2005.

Le 4 janvier 2006, la commune de Bayon a fait publier l'appel d'offres au BOAMP. Le 20 mars de la même année, le projet de la manufacture d'orgues KERN de Strasbourg a été retenu par la Commission Municipale d'appel d'offres. Après bouclage du plan de financement, le maire de Bayon a commandé les travaux le 7 février 2007.

Le nouvel orgue Kern de la tribune ne réutilise pas la console et l'orgue de Clergeau. L'association a obtenu, par délibération en date du 19 septembre 2007, une donation des pièces non réemployées dans la reconstruction pour en faire un orgue de choeur.

Pour voir les différentes phases de la réalisation du nouvel orgue de tribune, cliquer ci-dessous :